Dwa lata po rozwiązaniu się Mystery Inc. (w wersji polskiej: Tajemniczej Spółki), Scooby-Doo i jego przyjaciele: Kudłaty, Velma, Daphne i Fred zostają wezwani na Wyspę Strachów, gdzie mają zbadać serię paranormalnych wydarzeń. Nikt z nich nie wie, że pozostali też tam będą... Właściciel Wyspy Strachów, Emile Mondavarious, obawia się, że jego popularny kurort rzeczywiście może być nawiedzony. Robi wszystko, co w jego mocy, by pojednać skłóconych przyjaciół i pomóc im w wyjaśnieniu tajemnicy, nim nadnaturalne zjawiska wystraszą tłumy jego gości...